二代测序（NGS）又称大规模平行测序，能同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序，实现大规模、高通量测序的目标，时继Sanger测序之后的革命性进步。目前在临床肿瘤实践中，NGS主要用于驱动基因测序，是肿瘤精准诊疗的重要环节。

NGS有明显的通量优势及发现未知基因变异的优势，但是在使用中也存在包括检测技术、数据管理、分析与报告、解读与临床咨询等方面的各种挑战。

在我国现阶段，肿瘤患者数目庞大，驱动基因诊断和检测应用需求巨大。但在实际应用中会出现因为检测技术的准入门槛低、缺乏临床公认的NGS指导规范，肿瘤诊疗中可能存在检测质量低下、结果准确性差，检测结果解读不专业，甚至盲目追求基因检测结果的现象。

本共识文中的“声明”是专家组讨论的各个要点，也即专家组形成的共识或推荐。

一、NGS在临床肿瘤诊断中的质量需求

声明1：  临床肿瘤诊断应用的NGS项目应符合相应的诊断技术标准.

声明2： NGS检测项目的目的和临床益处应明确

二、NGS在临床肿瘤应用的检测内容

声明3：  如果NGS用于临床分子诊断，应明确至少哪些基因需纳入检测名单中

声明4：  可靶向作用基因的变异可能会影响临床决策，医师需要根据基因分型的检测结果来指导临床诊疗方案

声明5：  应根据实际情况需对检测内容进行更新

声明6：  应对每个基因变异点进行明确定义注释

声明7：  NGS项目的检测流程和生物信息学分析需针对特定平台和分析项目进行充分优化和标准化

三、NGS应用中的样本处理

声明8：  为提高NGS检测肿瘤驱动基因的准确性，应提供高质量的临床生物材料样本

声明9： 样本登记过程中每个标本应在NGS分析中有唯一性标识

声明10：  应有充分的样本评估和起始核酸用量

声明11：  应对抽提后和文库构建后的核酸样本进行质控

声明12： 应预留生物材料用于后续验证

四、NGS测序技术及流程

声明13：  NGS检测需符合严格的检测环境要求

声明14：  应对NGS试剂进行严格的管理和质控

声明15：  每个特定NGS测试项目均需经过严格技术验证后才可用于临床肿瘤检测

声明16：  应制定有明确的检测流程

声明17：  NGS技术检测项目应达到标准化

声明18：  人员配备和熟练程度应满足实践需求

声明19：  需使用核心基因清单与相应的检测标准品用于各个实验室间的质控比较

五、NGS数据的产生、管理、信息学分析

声明20：  应对所采用的数据分析工具（软件）进行能力验证

声明21：  检测实验室应规范数据产生和管理储存流程

声明22：  数据储存应采用通用的FASTQ、BAM、VCF格式，便于数据交换及实验室间评价

声明23：  NGS原始数据的质量检查，应有严格的操作规程指导

声明24：  不同肿瘤的NGS数据分析应遵循相同的基本流程

声明25：  体细胞与胚系来源的变异应加以区分

声明26：  应对应对各个瘤种中具有明确或重要临床意义的基因变异进行关注分析和说明

声明27：  中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）建议，临床肿瘤组织样本的NGS检测数据中测序有效深度应达到500倍以上，测序深度是指测序得到的碱基总量与基因组大小的比值，是评价测序量的指标之一；血浆游离DNA标本的NGS有效测序深度应达到1000倍以上

声明28：  CAGC项目数据的管理应在标准流程和各类数据管理方面实现同一化

六、NGS结果报告与咨询

声明29：  报告格式和内容需标准化，应能适应短期未来的发展趋势（靶点知识和检测内容的变更）

声明30：  报告范围应根据测试目的及测序能够达到质量要求的覆盖范围来决定

声明31：  NGS报告应简明扼要、明确易懂

声明32：  结果解释需客观中肯，平实地描述肿瘤突变结果

声明33：  遗传咨询需多学科支持

七、知情同意

声明34： NGS检测项目开展前应向患者提供知情同意或相关遗传咨询

八、NGS用于研究与诊断的区别

声明35：  研究项目获得有临床意义的分子变异结果需进一步在诊断条件下确证后才可纳入患者的医疗记录

声明36：   研究和诊断的检测结果都应建立数据库管理

九、精准肿瘤学研究项目（CAGC-POI）NGS的监督管理