例如，ENA检测的Sm抗体虽然是SLE的特异性抗体，但是其阳性率较低，仅为5%~10%，如果使用ANA抗体谱作为检测试剂，则有核小体，dsDNA,核糖体P蛋白三个特异性指标可以作为系统性红斑狼疮(SLE)的检测指标，使检出率大大增加。可以为临床医生提供更为丰富的信息，从而得出更为清晰的病情诊断。

高效价的抗M2抗体是原发性胆汁性肝硬化的标志，丙酮酸脱氢酶复合物的酶E2和蛋白X为主要的靶抗原。另外，在其它慢性肝脏疾病(30%)和进行性系统性硬化症(SCL)(7%~25%)中也可检出抗M2抗体，但主要为低效价。抗M2抗体阳性的SCL患者，很可能临床重叠有原发性胆汁性肝硬化。

与局限型SCL(CREST综合征:钙质沉着、Raynaud 病、食管功能障碍、指硬皮病、远端血管扩张)有关，阳性率为70%~90%。

对SLE具有很高的特异性。除抗Sm抗体外，抗dsDNA 抗体也可作为该病的一个血清学指标，阳性率为40%~90%。

对SLE的特异性几乎为100%，与健康献血员或硬化症、干燥综合征和多肌炎(PM)患者血清不反应。

见于多肌炎，阳性率为25%~35%。

可见于1%~7%的肌炎患者。许多自身免疫疾病发现有Ku抗体，包括多发性肌炎、狼疮及硬皮病。抗Ku抗体检测阳性可以提示有肌炎的高度危险。

在10%-15%的急性皮肌炎患者中检测到，诊断特异性>96%。

抗细胞周期抗原成分抗体。

对SLE具有很高的特异性，但其阳性率仅为3%。

在50%-70%的所谓的重叠综合征患者中可检出这些抗体，在这些患者中可合并出现多肌炎(PM)、皮肌炎(DM)和进行性系统性硬化症(SCL)。抗PM-Scl抗体在SCL(弥散型)中的阳性率为3%，在PM和DM中的阳性率为8%。

抗核糖体P蛋白抗体(ARPA)是SLE的特异性标志。SLE的活动性与ARPA的效价不具有相关性，对于有中枢神经系统症状、肾炎或肝炎的SLE患者，ARPA的阳性率与整个SLE人群基本相同。在其它有SLE症状的患者中也可检出ARPA。

在自身免疫性疾病中是一个非特异性指标，与多种自身免疫性疾病都有相关性，在很多疾病处于稳定期、控制好的情况下会显示阴性;如果阳性会提示复发或者优先于其它指标预警，起到预防提示作用。此指标合并其它指标阳性，常会提示预后不好。

见于25%~75%的SCL(弥散型)患者中，在局限型硬化症中不出现。

抗SmD1抗体是SLE的特异性标志，与抗dsDNA抗体一起，是SLE的诊断指标，但阳性率仅为5%~10%。对早期不典型SLE或经治疗缓解后的SLE回顾性诊断有很大帮助。

抗体最常见于干燥综合征(40%~80%)、也见于SLE (30%~40%)和原发性胆汁性肝硬化(20%中，偶见于慢性活动性肝炎。此外，在100%的新生儿红斑狼疮中可出现抗SS-A抗体。该抗体可经胎盘传给胎儿引起炎症反应和新生儿先天性心脏传导阻滞。

几乎仅见于干燥综合征(40%~80%)和SLE(10%~20%)的女性患者中，男女比例为29:1。在干燥综合征中抗SS-A抗体和抗SS-B抗体常同时出现。

是混合性结缔组织病(MCTD，夏普综合征)的标志，阳性率为95%~100%，抗体效价与疾病活动性相关。抗U1-nRNP抗体可在多种风湿病中存在，并不具有特异性，在30%~40%的SLE患者中可检出抗U1-nRNP抗体，但几乎总伴有抗Sm抗体。在系统性硬化中约14%阳性，原发干燥综合征12%阳性，在肌炎患者中约15%阳性。在抗U1-nRNP抗体阳性的MCTD或SLE患者中，常与肌炎、食管蠕动功能低下、雷诺征、关节痛、指硬化和肺间质病变症状密切相关，而肾炎发生率较低。