常见下呼吸道感染（lower respiratory tract infection，LRTI）如社区获得性肺炎（community⁃acquired pneumonia，CAP）、医院获得性肺炎（hospital⁃acquired pneumonia，HAP）、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等，其临床表现多样，感染病原微生物种类复杂，致病性感染和定植的鉴别困难，加之不断增长的微生物耐药性，加重了患者感染性疾病精准和有效治疗的难度。近年来PCR技术、以症候群为基础的多靶标检测，以及高通量测序技术的应用发展，大幅提升了感染性疾病的病原体快速、准确诊断能力。为了规范宏基因组测序技术（Metagenomics Next Generation Sequencing，mNGS）在下呼吸道感染性疾病中的临床应用实践，今年国内专家陆续整理发布《下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识》、《宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识》。

下呼吸道感染宏基因组二代测序报告

临床解读路径专家共识

1、适用的疑似LRTI临床场景：

“（1）免疫抑制宿主疑似发生LRTI且临床表现提示非CAP常见病原微生物所致者。（2）LRTI患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI经规范经验性抗感染治疗48~72h后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者。（3）聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体（如钩端螺旋体、嗜肺军团菌、鹦鹉热衣原体等）感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时。（4）患者有LRTI症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS以帮助鉴别诊断。”

2、不建议的LRTI临床场景：

“（1）免疫功能健全宿主罹患LRTI，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转。（2）已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效。”

3、标本选择、采集和运送规范

及质量评估方面：

根据LRTI特点选择mNGS送检标本类型（如下），主要为痰（含诱导痰）、支气管肺泡灌洗液（bronchial alveolar lavage fluids，BALF）和各种经支气管镜肺活检标本等，采集时尽量避免污染，由专业医护人员按照规范采集方法和送检流程处理。

此外，RNA病毒引起的LRTI建议首选PCR检测或相应的抗原检测，当地医疗机构无相应检测能力或PCR检测阴性但依然高度怀疑时，可在送检mNGS DNA测序的同时进行RNA测序，包括RNA病毒感染流行季节，LRTI合并免疫抑制宿主、发热伴严重血小板减少或凝血功能障碍、急性肝肾功能损害、急性神经系统症状等。

4、检测报告内容及解读方面：

mNGS检测报告应包含：标准化后的微生物特异性读长（reads）数/序列数、标准化中英文名称、相对丰度、阈值、基因组覆盖度图。可选内容如：相应部位病原微生物列表、微生物序列与人源核酸序列的比值、测得总序列数、质量合格序列数、可比对至微生物数据库序列数、测序质控图、耐药基因、毒力基因等。可区分细菌、病毒、真菌、寄生虫、特殊病原体（支原体、衣原体、立克次体等）5大类，分别展示。

检测报告应用于LRTI诊断时，需注意分析报告质量，判断结果可信程度，并对mNGS检测出的微生物进行分级，根据临床特征、综合进行临床决策（如下图），慎重对待mNGS阴性结果临床决策，按需组织多学科会诊（multi⁃disciplinary treatment，MDT）、回顾性分析总结。mNGS报告解读中出现多种病原微生物、低reads数微生物，以及针对不同标本类型，可根据共识规范指导具体分析。另外，受限于序列读长和测序深度等影响，mNGS中耐药基因和毒力基因的检测结果应谨慎解读。

总之，当前mNGS可作为LRTI常规临床微生物检测技术的补充，但需遵循标准规范的样本采集、数据分析和临床解读流程，合理用于LRTI临床实践。通过mNGS临床应用经验的不断积累，高质量的临床研究积累循证医学证据，进一步促进测序技术在感染性疾病的精准诊断应用标准化，专业化。

宏基因组学测序技术在成人医院

获得性肺炎中的临床应用专家共识

为了促进和规范mNGS在医院HAP诊疗中的合理应用，促进病原体的诊断、正确判读检测结果，中国医学救援协会重症医学分会组织部分重症医学、呼吸病学、检验医学、急诊医学等相关领域的专家共同研讨并制定15点共识。

共识1：建议HAP患者开展mNGS检测时，最好采集BALF或者气道抽吸物。

共识2：建议HAP患者如存在免疫功能低下、基础疾病严重或病情危重时，且在经济允许的情况下，进行微生物培养送检的同时开展mNGS检测。

共识3：在流感病毒、冠状病毒等RNA病毒流行期间，建议HAP患者开展mNGS检测时，首选DNA和RNA检测项目。

共识4：建议HAP患者开展mNGS检测时，要求相关实验室测序数据量至少保证10M以上。

共识5：建议HAP患者开展mNGS检测时，临床检测报告中要体现内参和对照品的检测合格性。

共识6：建议HAP患者开展mNGS检测时，检测结果要结合基础疾病史、临床其他检测结果综合考虑。

共识7：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到多种细菌时，需要考虑混合感染，同时结合临床表现综合考虑主要感染源。

共识8：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到毒力基因，需要重点考虑高毒力肺炎克雷伯菌，如检测到耐药基因，避免使用耐药基因对应的抗生素，但可以通过药敏试验对耐药基因进行验证。

共识9：建议HAP患者开展mNGS检测时，如患者为严重的粒细胞减少或严重的细胞免疫缺陷继发HAP时，除重点关注一般细菌外，真菌、病毒和胞内菌等机会性感染也需重点关注。

共识10：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到嗜肺军团菌，需要考虑是否存在院内供水污染等情况。

共识11：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到支原体和衣原体，需要考虑是否存在院内污染。

共识12：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到常见的口腔定植菌，需要考虑是否存在机械通气和误吸等情况。

共识13：建议HAP患者开展mNGS检测时，如患者有持续性严重的免疫缺陷症如艾滋病、中性粒细胞减少症等，检测到真菌且针对用药无效时，需要结合流行病学情况等考虑真菌耐药的可能。

共识14：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到常见的呼吸道相关病毒时，结合该病毒流行病学情况，同时关注患者是否存在流行病学接触史，参考血清IgM抗体和 IgG 抗体的情况综合考虑。

共识15：建议HAP患者开展mNGS检测时，如果检测结果为阴性，可以针对临床可疑的微生物进行PCR验证，同时阴性结果对于排除感染具有较好的阴性预测意义，但需要结合其他检测结果综合考虑。