2014 年12月17日，《自然》杂志发布2014中国出版指数。华大基因在《自然》及《科学》指数排名位列第五。报告中还发表专题文章评价深圳科研实力。文章称，深圳从一个小渔村发展成为中国科技发展的奇迹，成为了基因组学，蛋白质组学和生物信息分析领域的领头羊。其中总部位于深圳的华大基因，数据产出占全球50%。2013年，华大基因成功收购了Complete Genomics公司，进一步巩固了其在基因组学领域的领导地位。而华大基因的成功只是深圳改革历程的一个方面。

文章指出，2011年，深圳发布了第十二个五年计划，以支持六大战略新型行业的研究和创新：生物技术，互联网，新能源，高新材料，文化创意和信息技术。该计划的目标是到2015年，六大产业的总产值达490亿美元，即相当于深圳GDP的20%。

目前，生命科学仍是深圳的研究优势，华大基因是该领域贡献最大的机构。华大基因共发表了51篇自然指数文章，占了深圳"加权分值计数法"指数（简称WFC）的44%。其中发表在《自然》和《科学》杂志上的七篇文章已占了产出的12%。是中国科研机构中，《自然》和《科学》文章在WFC指数占比排名第二高的机构，第一为中科院古脊椎动物和古人类研究所。