据Kalorama Information提供的数据，2013年实时荧光定量核酸扩增检测(qPCR)市场从2011年的28亿美元增长到32亿美元。该机构称，qPCR检测系统能为研究工作提供更高质量可利用的数据，同时它也有许多临床应用包括病毒检测和定量检测。qPCR检测凭借敏感、特异、快速的特点被认为是核酸序列检测的黄金标准。qPCR已取得了广泛的应用，包括基因型、病原体检测、DNA甲基化分析等功能。

qPCR用于测试基因疾病突变的存在。准父母可以检测是否是基因携带者,或对他们的孩子进行检测是否受到疾病的影响。进行产前测试的DNA样本可以通过羊膜穿刺术,绒毛膜绒毛取样,甚至通过母亲的血液分析罕见的胎儿细胞循环。同时，在胚胎植入前的基因诊断,发展中胚胎的单个细胞的突变检测，PCR分析也是至关重要的。

qPCR正越来越多地应用在医学诊断领域，如细菌性疾病诊断,抗生素耐药性的检测,传染病诊断和细菌负荷的定量检测。它还可以用于检测基因异常与癌症突变。

未来，基于qPCR的诊断测试还将会扩大。然而,这些测试必将会面临三个要求：适应现有的诊断测试；诊断应用的扩张；以及更低的成本。