近十余年来,针对融合基因的靶向治疗进展迅速,为特定融合基因阳性患者带来显著临床获益。然而,基因融合形成机制多样,检测方法众多,不同方法各有优缺点,在临床分子检测中相对复杂。
本文基于国内外临床检测实践,达成非小细胞肺癌融合基因检测的中国专家共识,以规范融合基因的分子检测,精准筛选适合特定靶向治疗的患者人群。
一、融合基因包括哪些?
基于靶向药物的可及性,共识将融合基因分为必检基因与扩展基因两类。
必检基因包括间变性淋巴瘤激酶(ALK)、c‑ros 原癌基因1(ROS1)、转染重排原癌基因(RET)和神经营养因子受体酪氨酸激酶(NTRK)。
扩展基因主要包括神经调节蛋白(NRG)、成纤维细胞生长因子受体(FGFR)、间质表皮转化因子(MET)、表皮生长因子受体(EGFR)、人类表皮生长因子受体2(HER2)和鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1(BRAF)等(表1)。
各融合基因在NSCLC中的发生频率差异较大。需要特别说明的是,作为NSCLC驱动基因变异谱的一部分,尽管融合基因检测方法有其特性,但在临床实践中,检测策略的优化需综合考虑其他驱动基因的检测。
二、融合基因检测适用人群标本类型
推荐意见1:推荐病理学诊断为肺腺癌(包括含腺癌成分)的晚期初治NSCLC患者及靶向药物治疗后耐药的NSCLC患者进行融合基因检测(强烈推荐);建议经活检组织病理学诊断为非腺癌的晚期NSCLC患者及术后明确为浸润性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者进行融合基因检测(推荐)。
推荐意见2:推荐首选肿瘤组织学标本进行融合基因检测,无法获取足够肿瘤组织学标本时,可选择细胞学标本。在检测融合基因前,由专业的病理医师对组织或细胞学标本进行肿瘤细胞含量评估(强烈推荐);无法获取足够肿瘤组织学或细胞学标本时,建议选择液体活检作为补充检测手段(推荐)。
三、融合基因检测的常用方法
推荐意见3:应根据送检标本类型、肿瘤细胞含量、标本质量、所检融合基因特点、平台可及性、检测周期及费用等因素,合理选择检测平台及方式,必要时可多平台互补和验证(强烈推荐)。
目前常用的融合基因检测方法包括荧光原位杂交(FISH)、免疫组织化学(IHC)、即时荧光定量聚合酶链反应(qRT‑PCR)和二代测序等。
1.FISH:是通过荧光标记的探针与细胞核内的DNA靶序列杂交,并在荧光显微镜下观察分析基因扩增或融合变异的一种分子检测技术,一般被认为是检测基因扩增和融合的“金标准”,但也存在一定的局限性。如并非所有检测到的融合均会产生可表达的融合RNA,分离探针可能会遗漏较小的染色体内重排导致假阴性结果,无法确定和区分不同的融合基因变异亚型等。
2.IHC:是利用抗原抗体反应和化学显色原理,检测组织或细胞学切片中特定蛋白表达的技术。IHC检测灵敏度高、成本低、检测时间短、易于自动化,但其准确性取决于检测的融合蛋白是否有经过验证的抗体,如Ventana-D5F3 IHC检测肺腺癌患者ALK融合的准确性高,而ROS1和NTRK阳性IHC结果尚需其他检测方法验证。
3.qRT-PCR:可在RNA水平检测NSCLC中的融合RNA,灵敏度高、检测时间短,但仅限于检测引物设计范围内的已知融合,无法检出未知融合。此外,该方法检测结果的准确性高度依赖标本RNA的质量。
4.靶向二代测序:可以通过大规模平行测序的方法,对引物或探针设计范围内的区域同时进行多个融合基因检测。根据核酸投入物的不同,靶向二代测序可在DNA或RNA水平检测基因融合。
四、融合基因的共性及检测策略
推荐意见4:DNA层面检出的罕见融合伴侣、外显子断点融合及基因间融合应在RNA或蛋白水平进一步验证(强烈推荐)。
推荐意见5:DNA水平检测驱动基因为阴性的NSCLC患者建议在RNA或蛋白水平进一步检测基因融合,尤其是年轻、女性、不吸烟、TMB低的黏液/实性肺腺癌患者(推荐)。
五、NSCLC常见融合基因的特性
推荐意见6:对于必检融合基因,推荐使用二代测序或qRT‑PCR进行检测(强烈推荐),建议使用FISH进行检测(推荐)。
推荐意见7:推荐使用IHC检测ALK融合(强烈推荐),建议IHC仅用于ROS1和NTRK融合初筛,阳性结果需其他平台验证(推荐);不建议IHC用于RET融合检测(推荐)。
推荐意见8:建议使用二代测序检测扩展融合基因(推荐)。
六、融合基因检测的推荐方法及流程
推荐意见9:基于靶点基因变异全面检测的必要性及平台的适用性,晚期初治NSCLC患者应通过二代测序或qRT‑PCR进行包括融合基因在内的多基因检测(强烈推荐)。
推荐意见10:靶向治疗耐药后再次活检的患者建议使用二代测序同时检测多种基因变异(推荐)
推荐意见11:术后诊断为浸润性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者建议通过IHC检测ALK融合,或通过qRT‑PCR或二代测序进行多基因检测(推荐)。
七、临床实践中其他检测注意事项
推荐意见12:如果不同检测平台的检测结果不一致,推荐用第3种平台进行验证(强烈推荐)。
参考文献:
中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会, 中华医学会肿瘤学分会肺癌专家委员会, 国家病理质控中心. 非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识(2023版)[J]. 中华病理学杂志, 2023, 52(6): 565-573.
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