更便宜的基因组合可有效替代全基因组测序
更新时间:2014/6/6 14:59:34 浏览次数:2700据统计,在有乳腺癌或卵巢癌个人病史或家族病史的妇女中,约10%的妇女在体内有至少一个基因突变,而这些突变可能导致癌症。如果患者能提早知情并提醒她们的医生改变护理方案,这将对癌症的防治产生积极的作用。目前,一组多基因测序正在投入使用,但其临床价值如何尚不得而知。研究者们通过研究定制了种系-DNA测序组合试剂盒,用以对它的临床价值进行评估,该试剂盒的用途是在临床样本里检测癌症风险。
美国加利福尼亚州斯坦福大学医学院的科学家收集了198名妇女的血样,她们在2002年至2012年间接受了乳腺癌早发基因1 (BRCA1)和BRCA2的检验。科学家用一份血样通过基因组合可以同时了解几个基因的序列。人体内共有大约21,000个基因,这项技术检测的基因数量不超过100个。
美国加利福尼亚州旧金山市的InVitae实验室是一家经过临床实验室改进修正案(CLIA)认证的实验室,他们负责执行测序。测序的手段包括采用安捷伦公司(Santa Clara, CA, USA)的SureSelectXT协议构建测序文库,用KAPA生物系统公司(Woburn, MA, USA)的文库量化试剂盒量化之,并用安捷伦公司的Bravo自动化液体处理平台自动执行这些步骤。之后,在Illumina公司(San Diego, CA, USA)的MiSeq平台上采用2×151碱基对的配置对量化后的文库进行测序,能达到至少400倍的平均覆盖度。
测序结果显示,198名妇女中的57人携带了BRCA1/2突变,组合试剂盒评估了42个基因,科研小组发现,没有BRCA1/2突变的141名妇女中有14人体内携带了临床可变异基因。这些可能发生变异的基因所导致危险,需要临床医师改变日常护理方式来预防,比如更频繁地筛查携带者。然而,使用基因组合的检验并未消除这些变异意义不明的问题。意义不明变异指的是一个基因序列偏离群体,而这些基因变异的临床作用都是尚未可知的。测序结果显示,没有BRCA1/2突变的141名妇女中每个人体内都有大约两个意义不明变异。
这项研究的资深作者James Ford博士说:"当前是一个困难的时期,我们不但需要知道普通人群中这些癌症相关突变的发生率,还需要意识到,很可能每个人都携带一个或多个意义不明的基因变异,且至少要在体内持续存在一段时间。这一信息是人们想知道的吗?它有帮助吗?也许,10年之后随着我们更多地了解这些基因变异的临床意义,情况会有所改观。"该研究最早于2014年4月14日发表在《肿瘤学杂志》(Journal of Oncology)上。

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